Ciało Pyjasa znaleziono rankiem 7 maja 1977 roku w bramie kamienicy przy ul. Szewskiej 7 w Krakowie. Oficjalna wersja władz PRL głosiła, że zginął w wyniku nieszczęśliwego wypadku – rzekomo spadł ze schodów będąc pod wpływem alkoholu. Jednakże środowiska opozycyjne od początku podejrzewały, że śmierć była wynikiem pobicia przez funkcjonariuszy Służby Bezpieczeństwa (SB).
Śmierć Pyjasa wywołała falę protestów w środowisku akademickim. 15 maja 1977 roku powołano Studencki Komitet Solidarności (SKS), który stał się jedną z pierwszych niezależnych organizacji opozycyjnych w PRL.
Mimo upływu lat, okoliczności śmierci Pyjasa pozostają niewyjaśnione. Śledztwa prowadzone zarówno w okresie PRL, jak i po 1989 roku, nie przyniosły jednoznacznych odpowiedzi. W 2010 roku przeprowadzono ekshumację ciała, jednak biegli nie potwierdzili wersji o zabójstwie.
W 48. rocznicę śmierci Stanisława Pyjasa, 7 maja 2025 roku o godzinie 17:00, pod tablicą pamięci na ul. Szewskiej w Krakowie odbędzie się spotkanie upamiętniające jego postać i działalność.
Stanisław Pyjas został pośmiertnie odznaczony Krzyżem Komandorskim Orderu Odrodzenia Polski przez prezydenta Lecha Kaczyńskiego w 2006 roku, a w 2019 roku otrzymał Krzyż Wolności i Solidarności.
Jego śmierć pozostaje symbolem oporu wobec komunistycznego reżimu i przypomnieniem o cenie, jaką wielu młodych ludzi zapłaciło za wolność i demokrację w Polsce.
