Na trasie pielgrzymki znalazł się Gdańsk, Sopot, Pelplin, Elbląg, Licheń, Bydgoszcz, Toruń, Ełk, okolice jeziora Wigry, Siedlce, Drohiczyn, Warszawa, Radzymin, Sandomierz, Zamość, Łowicz, Sosnowiec, Kraków, Gliwice, Stary Sącz, Wadowice, Częstochowa oraz trzy wioski w Puszczy Augustowskiej: Leszczewo, Studzieniczna i Gorczyca. Oficjalnym przesłaniem tego pielgrzymowania po Polsce była chęć odwiedzenia wszystkich nowo powołanych diecezji po reformie administracyjnej polskiego Kościoła w 1992 roku.

Ale równie ważnym kontekstem wizyty Jana Pawła w ojczyźnie była narastająca wówczas dyskusja nad akcesem Polski do Unii Europejskiej. Wreszcie dziesiąta rocznica koncesjonowanych wyborów z czerwca 1989 roku, w którym Solidarność po raz pierwszy uzyskała reprezentację parlamentarną, więc aż prosiło się o podsumowanie pierwszej dekady polskiej wolności po schyłku PRL. Nic dziwnego, że w tej atmosferze Ojciec Święty został zaproszony przez marszałka sejmu Macieja Płażyńskiego i marszałek Senatu Alicję Grześkowiak do odwiedzenia sejmu RP i wygłoszenia przesłania do Polaków i parlamentarzystów. Administracja polskiego parlamentu stanęła wobec niełatwego problemu. Dla wszystkich było oczywiste, że Papież zarówno z racji swego specjalnego statusu w umysłach Polaków, jak i swego podeszłego wieku nie może po prostu przemawiać stojąc z trybuny sejmowej tak jak czynili to w przeszłości inni przywódcy państw, którzy odwiedzali sejm. W tej sytuacji zdemontowano wszystkie stanowiska, zarówno marszałka sejmu jak i sekretarzy obrad a opustoszałe miejsce przykryto zieloną wykładziną, na której stanął samotny tron papieski.

Tym razem na wspólnej sesji sejmu i senatu stawili się niemal wszyscy polscy parlamentarzyści. Gość z Rzymu zaczął od nawiązania do swej wizyty z czerwca 1979 roku czyli sprzed dwudziestu lat, kiedy to na ówczesnym Placu Zwycięstwa w Warszawie w trakcie mszy wezwał: „Niech stąpi Duch Twój! I odnowi oblicze ziemi. Tej ziemi! (2.06.1979). Papież mówił”: „Możemy być wdzięczni Opatrzności Bożej za to wszystko, co udało się nam osiągnąć dzięki szczeremu otwarciu serc na łaskę Ducha Pocieszyciela. Składam dzięki Panu historii za obecny kształt polskich przemian, świadectwo godności i duchowej niezłomności tych wszystkich, których w tamtych trudnych dniach jednoczyła ta sama troska o prawa człowieka, ta sama świadomość, iż można życie w naszej ojczyźnie uczynić lepszym, bardziej ludzkim”.  Papież podkreślał historyczność wizyty Pontifexa w polskim sejmie.  Odwołał się do wspaniałej, sięgającej XV wieku historii polskiego sejmu, w której ukoronowaniem była konstytucja 3 Maja w 1791 roku. Papież podkreślił: „Dziś, w tym miejscu, w sposób szczególny uświadamiamy sobie zasadniczą rolę, jaką w demokratycznym państwie spełnia sprawiedliwy porządek prawny, którego fundamentem zawsze i wszędzie winien być człowiek i pełna prawda o człowieku, jego niezbywalne prawa i prawa całej wspólnoty, której na imię naród”. 

Głowa Kościoła katolickiego życzyła sejmowi i senatowi polskiemu aby w centrum wysiłku parlamentarzystów i ich działań ustawodawczych zawsze znajdował się człowiek i jego rzeczywiste dobro. Powołał się przy tym na swoje „orędzie na Światowy Dzień Pokoju”, w którym podkreślał troskę o ochronę godności człowieka, która winna być zasadą wiodącą. Ideą, z której politycy powinni czerpać inspiracje w poszukiwaniu wspólnego dobra co jednocześnie stanowi mocne i trwałe fundamenty pod budowę pokoju. Ostrzegł jednocześnie, że wtedy gdy prawa człowieka są lekceważone lub deptane a interesy partykularne stawia się wyżej niż dobro wspólne – wówczas rozsiane zostaje ziarno nieuchronnej destabilizacji, buntu i przemocy. Oddał hołd robotnikom na Wybrzeżu w sierpniu 1980 roku mówiąc: „Dzisiejsze spotkanie w parlamencie (...)  nie byłoby możliwe bez »Solidarności«, która wybrała drogę pokojowej walki o prawa człowieka i całego narodu. Wybrała także zasadę, jakże powszechnie wtedy akceptowaną, że »Nie ma wolności bez solidarności«: solidarności z drugim człowiekiem, solidarności przekraczającej różnego rodzaju bariery klasowe, światopoglądowe, kulturowe, a nawet geograficzne, czego świadectwem była pamięć o losie naszych wschodnich sąsiadów. 

Papież nawiązał też do dyskusji na temat modelu integracji Polski z Unią Europejską. Jak wskazywał: „Kościół przestrzega przed redukowaniem wizji zjednoczonej Europy wyłącznie do jej aspektów ekonomicznych, politycznych i przed bezkrytycznym stosunkiem do konsumpcyjnego modelu życia. Nową jedność Europy, jeżeli chcemy, by była ona trwała, winniśmy budować na tych duchowych wartościach, które ją kiedyś kształtowały z uwzględnieniem bogactwa i różnorodności kultur i tradycji poszczególnych narodów. Ma to być bowiem wielka Europejska Wspólnota Ducha. Również w tym miejscu ponawiam mój apel skierowany do starego kontynentu: »Europo, otwórz drzwi Chrystusowi«”. Jeszcze bardziej dosadnie w kontekście dyskusji o celowości wejścia Polski do Unii Europejskiej zabrzmiały słowa: „Polska ma pełne prawo aby uczestniczyć w ogólnym procesie postępu i rozwoju świata, zwłaszcza Europy. Integracja Polski z Unią Europejską jest od samego początku wspierana przez Stolicę Apostolską”. Przemowa papieska wywołała wówczas wielominutową owację, której gościowi z Rzymu klaskali nie tylko politycy prawicy, ale i lewicy. W komentarzach prasowych jedni wskazywali na przypomnienie papieża, że integracji europejskiej powinna towarzyszyć troska o pamięć o duchowej tradycji kontynentu, inni z kolei, szczególnie z obozu liberalnego chwalili papieża za wyraźne wsparcie integracji z UE wbrew istniejącym już wtedy obiekcjom części prawicy przed włączeniem Polski do „eurokołchozu”. 

Mowa papieska przeszła do historii najważniejszych przemówień politycznych po 1989 roku. Gorzkim pendant do słów Jana Pawła II była dyskusja nad preambułą do traktatu mającego ustanowić konstytucję dla Europy w 2003 roku XXI wieku, w której jej twórca, były francuski prezydent Giscard de’Estaing wymieniając różne źródła inspiracji duchowej Europy wymienił m. in. tradycję grecką czy rzymską, omijając kwestie inspiracji chrześcijańskiej. Do ogłoszenia konstytucji dla Europy w końcu nie doszło, ale tamta demonstracja francuskiego polityka była ilustracją tendencji, które stanowiły zaprzeczenie wezwań papieża z Polski. Ostatnia, dziewiąta pielgrzymka Ojca Świętego do Polski w 2002 roku przypadła na moment, gdy Papież był już bardzo osłabiony i ograniczał swoje wystąpienia do minimum.  Na tym tle wizyta z 1999 roku jawi się jako pożegnanie z ojczyzną Jana Pawła II i sformułowanie przesłania dla swego narodu na okres po jego odejściu. Otwartą kwestią jest, w jakim stopniu polscy politycy wypełniają ten duchowy testament najsłynniejszego Polaka na świecie.