Oprócz prof. Zaffaroniego do nowego instytutu zostali mianowani: prof. Alberto Filippi i prof. Marcelo Suárez-Orozco. Instytut, który ma się zajmować tematami związanymi z kolonializmem, prawami socjalnymi i emigracją, jest podporządkowany pod względem finansowym, administracyjnym i kierowniczym Panamerykańskiemu Komitetowi Sędziów dla Sprawiedliwości Społecznej i Doktryny Franciszkańskiej. Ta druga instytucja z kolei została utworzona przez papieża w 2019 r. i działa pod auspicjami Papieskiej Akademii Nauk Społecznych.

Zaffaroni sprzeciwiał się penalizacji aborcji. Portal „Church Militant” przytacza jego wypowiedź na ten temat: „Kodeks karny nie służy zapobieganiu aborcji i nawet nie redukuje olbrzymiej liczby tych, które się praktykuje. Służy jedynie temu, że kobiety z najuboższych i najbardziej bezradnych sfer są poddane najwyższemu ryzyku. To oczywiste, że wszyscy chcemy świata bez wojen i ludobójstwa, a także bez aborcji. Jednakże nie wiemy, jak to osiągnąć, ale wiemy, że jest to niemożliwe przy pomocy kodeksu karnego”.

Argentyński sędzia również „oświadczył, że często brał pod uwagę udział w marszach LGBT” oraz popierał tzw. „małżeństwa” homoseksualne. Portal „Life Site News” przypomina, że „w 2019 r. Zaffaroni był głównie odpowiedzialny za organizację wydarzenia w Watykanie dla aktywistów LGBT poświęconego dekryminalizacji homoseksualizmu”. Wydarzenie, w którym przemówienie miał po Zaffaronim wygłosić papież Franciszek, zostało wyjawione przez dr. Frédérica Martela, homoseksualistę i autora książki o szerzeniu się homoseksualizmu wśród watykańskiego duchowieństwa.

W 2011 r. La Alameda, organizacja zajmująca się zwalczaniem handlu żywym towarem, niewolnictwa, sutenerstwa, wykorzystywania dzieci i handlu narkotykami, oskarżyła Zafaroniego o to, że 15 z jego nieruchomości służyły prostytucji. W 2013 r. zeznania w sądzie złożył Ricardo Montivero, adwokat Zaffaroniego, który powiedział, że to on administrował tymi mieszkaniami. Otrzymał za to grzywnę w wysokości 10.000 peso. Sam Zaffaroni twierdził w mediach, że „prostytucja to nie przestępstwo”. Z tym skandalem powiązana jest też Marcia González, która zginęła w wypadku samochodowym, a prowadziła cztery z mieszkań wykorzystywanych do prostytucji.

Portal „Church Militant” przypomina, że w 1989 r. Zaffaroni zwolnił z więzienia Julio E. Tiraboschiego, pedofila, który molestował seksualnie ośmioletnią dziewczynkę. Ponieważ wiązało się to z seksem oralnym, sędzia uniewinnił sprawcę stwierdzając, że taki seks nie jest bolesny i nie podpada pod definicję gwałtu.

Michael Haynes zwrócił uwagę na jeszcze jeden ciekawy wątek, który ma związek z Watykanem i skandalem wokół Pachamamy. Argentyński sędzia opublikował w 2012 r. książkę La Pachamama y el ser humano, która według byłego franciszkanina Leonardo Boffa „podejmuję kwestię integralnej ekologii, w szczególności przemocy społecznej, a zwłaszcza przemocy wobec zwierząt”.