Według oskarżeń o. Rupnik miał znęcać się psychicznie i seksualnie nad siostrami zakonnymi ze Wspólnoty Loyola, której był współzałożycielem wraz z s. Ivanką Hostą. Osobną sprawę stanowi ekskomunika nałożona na o. Rupnika przez sąd kościelny za udzielenie rozgrzeszenia kobiecie, z którą sam miał relację seksualną. O przypadku o. Rupnika stała się głośno parę tygodni przed Bożym Narodzeniem i od tego czasu pojawiają się kolejne rewelacje na jego temat.

W sprawie zakonnic ze Wspólnoty Loyloa Watykan wszczął dochodzenie. Cztery zakonnice, które należały wcześniej do wspólnoty, nie widząc postępów w dochodzeniu zdecydowały się napisać do papieża Franciszka. Według portalu „Left” ojciec święty jednak na żaden z czterech listów nie odpowiedział, zachowując milczenie.

Według artykułu „ACI Prensa” o. Rupnik miał molestować dziewięć sióstr zakonnych, a z kolei „Left” podaje, że jedna z nich usiłowała popełnić samobójstwo. Haynes przytacza wypowiedź jednej z rzekomych ofiar o. Rupnika, występującej pod pseudonimem „Anna”, która twierdzi o. Rupnik molestował seksualnie około 20 kobiet z czterdziestu jeden należących do Wspólnoty Loyola na początku lat dziewięćdziesiątych. Z kolei portal „Messa in Latino“ podał, że papież Franciszek w przeciągu „kilku godzin” interweniował, by unieważnić wspomnianą ekskomunikę nałożoną na o. Rupnika.

Słoweńska Prowincja Jezuitów zadeklarowała wiarę w „szczerość zakonnic i innych ofiar, które zabrały głos, mówiąc o swoich cierpieniach i innych okolicznościach” związanych z molestowaniem seksualnym ze strony o. Rupnika. Przepraszając wszystkich za brak reakcji w stosownym czasie, jednocześnie prowincja zachęcała ofiary i świadków do zabierania głosu, by sprawę wyjaśnić.

Wraz z nagłośnieniem nadużyć seksualnych o. Rupnika jego nazwisko zostało usunięte z szeregu instytucji i wydarzeń. Papieski Uniwersytet Gregoriański np. usunął „wszelkie odnośniki do Rupnika ze swojej strony uniwersyteckiej”. Duchowny został też pozbawiony możliwości uczenia i „wszelkich akademickich związków” z uczelnią. O. Rupnik przestał być konsultantem instytucji watykańskich, a w ćwiczeniach duchowych w Loreto, które miał poprowadzić w lutym, zastąpi go kto inny.

Haynes podkreśla jednak nieustanne milczenie Watykanu i brak reakcji na rewelacje, że papież Franciszek miał uchylić ekskomunikę nałożoną na o. Rupnika.