W latach 193-75 i w 1978 roku podjął studia specjalistyczne z filozofii na uniwersytecie w Monachium. W 1980 roku  otrzymał tytuł naukowy profesora filozofii. W latach 1989-98 był rektorem KUL. I wreszcie był szanowanym członkiem zespołu ds. Etyki i Badań Naukowych przy przewodniczącym Komitetu Badań Naukowych.

Długo tajemnicą okryta była cena, jaką Wielgus płacił z możliwość uzyskiwania paszportu na wyjazdy zagraniczne w postaci ukrywanej przez Wielgusa współpracy z komunistyczną SB. Ten diabelski cyrograf miał w przyszłości wyjść na jaw i podciąć jego karierę. Ale nie uprzedzajmy wypadków. 24 maja 1999 papież Jan Paweł II mianował Stanisława Wielgusa biskupem płockim. Święcenia biskupie otrzymał 1 sierpnia 1999 roku. I odbył ingres do katedry płockiej. Na stanowisku tym radził sobie na tyle dobrze, że w Rzymie zaczęto myśleć o nim jako o następcy prymasa Józefa Glempa w warszawskim pałacu prymasów polskich. Wielgus nie zauważył, że w międzyczasie zmieniła się atmosfera wokół lustracji. Była to zasługa Instytutu Pamięci Narodowej powstałego w 1999 roku, który umożliwił badaczom dostęp do akt dawnych współpracowników i informatorów komunistycznej SB. Wiedza o niedobrych powiązaniach Wielgusa z bezpieką istniała w środowisku naukowym na tyle mocno, że pomysł powołania akurat takiej osoby na jedną z najważniejszych stolic biskupich zaczęła wywoływać sprzeciw nie tylko po prawej stronie. Ostatecznie pierwszym medium, które zdecydowało się napisać o tym, co zachowało się w teczkach biskupa Wielgusa  była Gazeta Polska. W dwa tygodnie po tym jak Benedykt XVI przeniósł Wielgusa na urząd metropolity warszawskiego – Gazeta Polska opublikowała 19 grudnia 2006 artykuł o długotrwałej i świadomej  tajnej współpracy kapłana z SB. W pierwszym odruchu biskup Wielgus gorąco zaprzeczył wszystkiemu. Robił to tak zdecydowanym tonem, że wsparli go w tamtej chwili prymas Józef Glemp, kardynał Stanisław Dziwisz i senat Katolickiego Uniwersytetu Lubelskiego. Biskup Wielgus aby wzmocnić medialnie swoje zaprzeczenia na temat domniemanej jego agenturalności, mimo swego deklarowanego konserwatyzmu nie miał żadnych problemów, by udać się na rozmowę z dziennikarzem Wyborczej, w którym to wywiadzie raz jeszcze potwierdzi, że w przeszłości nie miał sobie nic do zarzucenia. Jednak ta kontrakcja medialna nie przyniosła efektu. Trudno ocenić, ile jest prawdy w plotkach, że to Kancelaria Prezydenta RP Lecha Kaczyńskiego nawiązała kontakt z otoczeniem papieża Benedykta XIV i przekazała mu informacje na temat kontaktów nominata SB przed 89 rokiem.  Na początku stycznia zaczęła działać powołana pospiesznie komisja ds. zbadania dokumentów na temat Stanisława Wielgusa powołana przez Rzecznika Praw Obywatelskich prof. Jana Kochanowskiego.  Równolegle zaczęła działać kościelna komisja historyczna, w której znalazł się szanowany profesor KUL ks. prof. Andrzej Szostek. 5 stycznia 2007 było już jasne, że Wielgus nie jest w stanie dalej zaprzeczać, że fakt współpracy miał miejsce. Jednak nominat na funkcję arcybiskupa warszawskiego był pewny, że jeśli sam wyrazi ubolewanie z powodu swych kontaktów z SB to może jeszcze uda mu się utrzymać funkcję. W wydanej odezwie do wiernych archidiecezji biskup Wielgus wyraził żal z powodu współpracy z SB i pośrednio przeprosił za zaprzeczanie faktom współpracy. Jednocześnie poprosił wiernych o akceptację jego nominacji na metropolitę warszawskiego i zaznaczył, że oddaje się do dyspozycji papieża. W niedzielę 6 stycznia 2007 roku tłumy wiernych wypełniły szczelnie katedrę  Świętego Jana w Warszawie, gdzie miała rozpocząć się inauguracja jego posługi. Msza rozpoczęła się tak, jakby biskup Wielgus był pewny, że najgorsze jest już za nim. Zgromadzeni byli polscy biskupi na czele z prymasem Józefem Glempem,

I wtedy zdarzyła się rzecz zdumiewająca. W pewnym momencie mszy odczytano list nuncjatury apostolskiej w Polsce, który głosił, że arcybiskup Stanisław Wielgus złożył rezygnację z urzędu, którą papież Benedykt XVI przyjął. Ta wiadomość wywołała szok wszystkich zgromadzonych w kościele. Efekt był tym mocniejszy że do katedry przybyli głównie najtwardsi obrońcy biskupa Wielgus, którzy uznali zarzuty lustracyjne za zemstę za wyraziste poglądy konserwatywne, które wyrażał dotychczasowy biskup płocki. W pamięci zbiorowej utkwił wysoki człowiek w krakowskiej sukmanie, który donośnym głosem krzyczał wówczas na cała katedrę : „Nie, nie, nie!”.

Ale decyzja papieża była jednoznaczna. Następnego dnia w poniedziałek 7 stycznia 2007 biuro prasowe Stolicy Apostolskiej potwierdziło, że papież Benedykt przyjął rezygnację. Był to największy cios dla prestiżu Kościoła po 1989 roku, ale i efekt wieloletniego zamiatania przypadków współpracy z SB pod dywan.

Obrońcy Stanisława Wielgusa nie złożyli broni. Do dziś przekonują na wiele sposobów, że ich biskup został skrzywdzony. Po dymisji biskup Wielgus przeniósł się na stałe do Lublina, gdzie przyjął status tamtejszego rezydenta. Wciąż na rynku wydawniczym ukazują się książki broniące niegdysiejszego prorektora ds. studenckich KUL. Parę lat po jego usunięciu z fotela biskupów warszawskich wydano książkę „Zamach na arcybiskupa” autorstwa Sebastiana Karczewskiego. Autor pisze w nim: „Zamach na arcybiskupa powinien przeczytać każdy, kto nie chce zgodzić się na kreowaną przez media zafałszowaną rzeczywistość”. Jednakże w innych mediach kojarzonych z prawicą, takich jak np. Gazeta Polska prawdziwość faktów współpracy biskupa Wielgus z SB uznano za fakt nie podlegający dyskusji. Także urzędnicy Kancelarii Prezydenta RP Lecha Kaczyńskiego nigdy nie dementowali informacji o prezydenckiej interwencji w sprawie zablokowania nominacji dla byłego biskupa płockiego.