Jednym z najbardziej dyskutowanych fragmentów listu jest jego początek, w którym autorzy podnoszą temat antysemityzmu: „Jednym z takich śmiertelnych deficytów miłości, był (i niestety ciągle jeszcze pozostaje) antysemityzm”.

Dla części komentatorów takie ujęcie tematu budzi kontrowersje. Niektórzy autorzy wskazują, że problem ten został w dokumencie postawiony w centrum, bez jednoznacznego zdefiniowania, co wyraźnie może prowadzić do uproszczeń i napięć interpretacyjnych.

Jeszcze większe emocje wywołuje fragment odnoszący się do historii nauczania Kościoła: „Przez ponad półtora tysiąca lat treści te (…) kształtowały postawy chrześcijan, przyczyniając się do nienawiści, prześladowań i manifestacji antysemityzmu”.

Zdaniem krytyków taka diagnoza stawia pod znakiem zapytania ciągłość tradycji Kościoła katolickiego.

Najostrzejszą reakcję wywołał jednak fragment: „Bóg bowiem, wierny swym obietnicom, nie odwołał Pierwszego Przymierza. Izrael pozostaje nadal narodem wybranym”.

Publicyści zwracają uwagę na fakt, że sporne fragmenty listu za sprzeczne z dotychczasowym nauczaniem Kościoła i tradycją apostolską. Piszą nawet wprost, że takie sformułowania oznaczają poważne odejście od utrwalonej doktryny i podważają ciągłość nauczania.

To właśnie ten element dokumentu stał się osią sporu. Dla jednych jest on przejawem rozwijającej się refleksji teologicznej oraz próbą pogłębienia dialogu międzyreligijnego, dla innych natomiast stanowi niebezpieczne przesunięcie interpretacyjne, które może prowadzić do relatywizacji dotychczasowych podstaw wiary.

Dodatkowe napięcia wywołuje także fragment odnoszący się do kwestii zbawienia, który – zdaniem krytyków – sugeruje możliwość uczestnictwa w nim bez jednoznacznego odniesienia do Chrystusa. W ocenie przeciwników takiej interpretacji rodzi to poważne konsekwencje teologiczne i może prowadzić do osłabienia tradycyjnego nauczania o konieczności nawrócenia.

Kontrowersje wzbudza również apel o odwiedzenie synagogi. Część środowisk postrzega go jako wyraz otwartości i kontynuację linii dialogu zapoczątkowanej przez św. Jana Pawła II. Inni jednak interpretują go jako krok zbyt daleko idący, który – w ich ocenie – może być odczytywany jako rozmywanie granic tożsamości religijnej.

Jak czytamy, dokument zawiera liczne niejasności i interpretacje, które mogą prowadzić do błędnych wniosków, a jego publikacja mogłaby mieć poważne konsekwencje dla odbioru nauczania Kościoła w Polsce.

Na chwilę obecną nie jest jasne, czy dokument ostatecznie zostanie opublikowany i odczytany w kościołach. Jedno pozostaje pewne – wywołana przez niego debata szybko nie wygaśnie.