Referendum rozpoczęło się w niedzielę o godz. 6.00 rano czasu polskiego i potrwa przez tydzień. Wcześnie rano głos oddał prezydent południowego Sudanu, Salva Kiir Mayardit, który popiera oderwanie się południa od północy. Wyniki głosowania będą znane w połowie lutego.
Karty do głosowania mają formę obrazkową, bo większość mieszkańców południa to analfabeci. W referendum wezmą udział jedynie Sudańczycy, których rodzice lub dalsi przodkowie pochodzą z plemion z południa, a także ci, których rodzice lub dziadkowie mieszkają w tej części Sudanu od 1956 roku.
Na dzień przed głosowaniem doszło do starć między rebeliantami a południowosudańskimi żołnierzami. Zginęło co najmniej 6 osób.
Obserwatorzy przewidują zdecydowane zwycięstwo secesjonistów. Jednak, aby tak się stało, zagłosować musi co najmniej 60 procent z blisko czterech milionów zarejestrowanych wyborców.