Do tej ostatniej sprawy abp Müller przywiązał szczególną uwagę. Chodzi o tzw. inicjatywę proboszczów, czyli akcję zatytułowaną „Wezwanie do nieposłuszeństwa”, pod którą podpisało się ok. 400 austriackich księży, żądających liberalnych zmian w Kościele katolickim. Niemiecki hierarcha stwierdził, że inicjatywa ta promuje pojmowanie Kościoła jako rzeczywistości kształtowanej wyłącznie przez ludzi i na mocy zmiennej mody określonej epoki. - Tego nie da się pogodzić z wiarą katolicką – wyjaśnił abp Müller.
W kontekście rozmów z Bractwem Św. Piusa X, prefekt Kongregacji Nauki Wiary stwierdził, że katolicyzmu nie da się pogodzić również z dystansem do nauczania Kościoła. - Jeśli lefebryści chcą jedności, to muszą przyjąć fakt, że Sobór Watykański II jest dla Kościoła wiążący – powiedział abp Müller. – Można dyskutować o deklaracji na temat środków przekazu, ale stwierdzenia dotyczące żydów, wolności religijnej czy praw człowieka mają skutki dogmatyczne. Tego nie da się odrzucić bez skutków dla katolickiej wiary – dodał hierarcha.
Prefekt Kongregacji Nauki Wiary odniósł się również do kwestii nadużyć seksualnych. Abp Müller powtórzył, że przemoc w tej dziedzinie jest przestępstwem i grzechem, zwłaszcza gdy dokonuje się względem dzieci, a duchowni, którzy dopuścili się takich czynów, powinni odpowiadać, zarówno przed trybunałem świeckim, jak i władzami kościelnymi. - Niczego nie ukrywamy, niczego nie lekceważymy – dodał abp Müller. Natomiast w kontekście pracy Kościoła, hierarcha stwierdził, że nie powinien się on zamykać w kręgu elity najwierniejszych katolików. - Tak mocni, jak i słabi w wierze mają swoje miejsce w domu Pana – oświadczył arcybiskup. – Dlatego Kościół jest otwarty i na tych, którzy wątpią - dodał.

