Postanowienie Trybunału jest odpowiedzią na wniosek I prezes Sądu Najwyższego, Małgorzaty Manowskiej, która zaskarżyła lipcowe rozporządzenie MEN. Rozporządzenie to wprowadzało możliwość organizowania lekcji religii w grupach międzyoddziałowych i międzyklasowych, co zdaniem prezes Manowskiej mogło prowadzić do nagłej redukcji zatrudnienia nauczycieli religii i katechetów. W swoim wniosku Manowska podkreśliła, że szybkie wprowadzenie zmian mogłoby doprowadzić do nieodwracalnych skutków prawnych, szczególnie w kontekście potencjalnej niekonstytucyjności przepisów.

W odpowiedzi na wniosek I prezes SN, Trybunał Konstytucyjny wydał postanowienie zabezpieczające, zawieszając stosowanie zaskarżonego rozporządzenia. Julia Przyłębska, prezes Trybunału, potwierdziła, że decyzja ta ma na celu zapobieżenie nieodwracalnym konsekwencjom, jakie mogłyby wyniknąć z natychmiastowego wdrożenia zmian w systemie edukacji. W uzasadnieniu wskazano, że wdrożenie rozporządzenia mogłoby prowadzić do masowych zwolnień nauczycieli religii, co z kolei mogłoby wywołać poważne problemy organizacyjne i społeczne.

Ministerstwo Edukacji Narodowej wyraziło odmienne stanowisko, twierdząc, że decyzja Trybunału Konstytucyjnego nie wywołuje skutków prawnych. Resort podkreślił, że rozporządzenie zostało wydane zgodnie z obowiązującym prawem i będzie miało moc od 1 września, niezależnie od postanowienia Trybunału.

Spór o organizację lekcji religii w polskich szkołach dotyka głębszych kwestii związanych z relacjami między państwem a Kościołami, a także z zasadami konstytucyjnymi. I prezes SN zarzuciła rozporządzeniu naruszenie zasady „konsensualnego regulowania relacji między państwem a Kościołami” oraz zagrożenie dla stabilności zatrudnienia nauczycieli religii.