W odpowiedzi na petycje skierowane przez Prezydium Episkopatu Polski oraz Polską Radę Ekumeniczną, I prezes SN zaskarżyła do Trybunału Konstytucyjnego rozporządzenie MEN, które zakłada łączenie na lekcje religii uczniów z różnych klas i roczników. Prof. Małgorzata Manowska wskazała m.in. na naruszenie zasady „konsensualnego sposobu regulowania relacji między państwem a Kościołami” czy uniemożliwienie „nauczania religii w sposób określony programem nauczania tego przedmiotu”. Przypomnijmy, że zgodnie z art. 12 ustawy o systemie oświaty, zasady nauczania religii w szkole reguluje właściwy minister „w porozumieniu z władzami Kościoła Katolickiego i Polskiego Autokefalicznego Kościoła Prawosławnego oraz innych kościołów i związków wyznaniowych”. Minister Barbara Nowacka wyraźnie jednak broni się przed uznaniem istnienia tego zapisu.

- „Owszem konkordat zobowiązuje państwo polskie do organizowania lekcji religii. Natomiast już to, w jaki sposób te lekcje są organizowane, zależy od decyzji - w tym przypadku - ministra edukacji narodowej”

- stwierdziła szefowa MEN w rozmowie z PAP.

Oskarżyła też funkcjonujące w Polsce Kościoły i związki wyznaniowe o chęć „wywołania awantury”.

- „Zrozumieli, że skończyło się pewne eldorado, które funkcjonowało w relacjach państwo-Kościół, i że teraz to rząd, a nie episkopat zajmuje się rządzeniem”

- powiedziała.

Przekonywała ponadto, że zaskarżenie rozporządzenia do TK nic nie zmieni.

- „Nie widzę więc żadnego powodu, żeby zmieniać zdanie i zmieniać rozporządzenie, tym bardziej że Trybunał pani Julii Przyłębskiej - jak powiedzieliśmy w uchwale sejmowej - nie stanowi dla nas ciała, które ma prawo stanowić prawo w Polsce”

- oświadczyła.