Rozporządzenie MEN wywołało kontrowersje, ponieważ według Prezydium Episkopatu Polski i Polskiej Rady Ekumenicznej, narusza ono zasady współpracy między państwem a Kościołami, określone m.in. w obowiązującej umowie konkordatowej pomiędzy Polską a Watykanem. Zgodnie z art. 12 ust. 2 ustawy o systemie oświaty, Minister Edukacji powinien konsultować zmiany w nauczaniu religii z władzami Kościoła Katolickiego, Polskiego Autokefalicznego Kościoła Prawosławnego oraz innych związków wyznaniowych, co – jak zwraca uwagę Episkopat - nie zostało w pełni zrealizowane.

Prezes Manowska zarzuciła rozporządzeniu MEN naruszenie zasady konsensualnego regulowania relacji między państwem a Kościołami. Wskazała także na potencjalne ograniczenie możliwości nauczania religii zgodnie z programem nauczania, szczególnie w kontekście tworzenia grup międzyoddziałowych lub międzyklasowych.

Spór dotyka również kwestii wolności religijnej, która jest chroniona zarówno przez konstytucję, jak i umowę konkordatową między Polską a Watykanem. Zmiany w nauczaniu religii w szkołach mogą mieć dalekosiężne konsekwencje dla tej wolności oraz dla racji państwo-Kościół w Polsce.