Na przełomie września i października 1984 roku, m.in. wskutek zorganizowanej przez kapłana pielgrzymki ludzi pracy na Jasną Górę 16 września 1984 roku, nasiliły się kierowane wobec księdza pogróżki ze strony esbecji.

Już 13 października 1984 roku doszło do pierwszej próby zabicia kapłana., kiedy ten wracał samochodem z gdańskiej parafii św. Brygidy. Jeden z przyszłych morderców, Grzegorz Piotrowski, rzucił w szybę samochodu księdza kamieniem. Grupa esbeków, której przewodził Piotrowski miała przy sobie m.in. worki, łopaty i kamienie. Tym razem zamach na życie ks. Jerzego jednak się nie powiódł.

Jednak już 6 dni później 19 października 1984 roku ks.Popiełuszko, gdy wracał z Bydgoszczy, gdzie odprawił mszę dla ludzi pracy w kościele Świętych Polskich Braci Męczenników miał zostać uprowadzony przez tę samą grupę Piotrowskiego.

Został ciężko pobity, skrępowany sznurem i wrzucony do bagażnika esbeckiego auta. Wiele wskazuje na to, że zginął 19 października, zanim został wrzucony do Wisły w okolicach tamy we Włocławku. Do nóg księdza oprawcy przywiązali worek z przygotowanymi wcześniej kamieniami.

Komunistyczne władze urządziły pokazowy proces toruński sprawców brutalnego mordu na kapłanie. Ostatecznie Piotrowski wyszedł z więzienia po 16 latach (2001), Pietruszka po 10 (1995), Pękala po 5 (1990), a Chmielewski – po 8 (1993).

Zleceniodawców na najwyższych szczeblach komunistycznej władzy bestialskiego mordu na niezłomnym kapłanie nigdy, nawet po 1989 roku nie dotknęły jakiekolwiek konsekwencje karne za zbrodnię popełnioną na ks. Jerzym Popiełuszce.