W oficjalnym komunikacie Instytutu podkreślono, że Radziejowska „przekroczyła normy relacji pracownik–pracodawca”, udostępniając wewnętrzną korespondencję osobom trzecim i prezentując w mediach swoje obawy co do realizowanych projektów. Prezes Instytutu tłumaczył się jednak, że nie domaga się zwrotu żadnych dóbr kultury ani mienia prywatnego.

Zmiana kierownictwa wywołała falę kontrowersji, przede wszystkim z powodu przeszłości nowej szefowej. Dr Joanna Kiliszek była wcześniej radną niemieckiej partii Sojusz90/Zieloni w podberlińskiej gminie Schönwalde-Glien.

„Słucham? Czyli w miejsce dbającej o polskie interesy Hanny Radziejowskiej dostajemy Ruchniewicza bis? Naprawdę nie było nikogo innego niż polityk niemieckiej partii? Jeżeli dr Kiliszek została radną w Niemczech, to znaczy, że tam ma swoje centrum życia i tam lokuje swoje priorytety” – ostro skomentował poseł PiS Radosław Fogiel.

Krytyka Fogla odnosi się także do działań obecnego rządu, który – zdaniem polityka – w ten sposób naraża polskie interesy kulturowe i historyczne na konflikt priorytetów z polityką niemiecką.

Zdaniem komentatorów decyzja o powołaniu niemieckiej polityk na czele berlińskiego oddziału Instytutu Pileckiego może osłabić polską obecność i wpływ w jednym z kluczowych punktów dialogu polsko-niemieckiego.

Dr Kiliszek deklaruje natomiast w komunikacie potrzebę „bezstronnego i otwartego podejścia do historii polsko-niemieckiej”. Lokalizacja Instytutu w pobliżu Bramy Brandenburskiej – przypomina o „delikatnej historii stosunków polsko-niemieckich, obciążonej krzywdami i emocjami”. Nowa szefowa – cokolwiek to oznacza – chce wzmocnienia części badawczej Instytutu i rozwoju dialogu historyczno-kulturowego między Polską a Niemcami.

Jednak krytycy wskazują, że nominacja osoby z aktywną rolą polityczną w Niemczech stwarza ryzyko konfliktu interesów i wątpliwości co do kierunku działań Instytutu. Wątpliwości te podziela także część środowiska politycznego w Polsce, które oczekiwało, że berliński oddział pozostanie pod kierownictwem osoby w pełni lojalnej wobec polskich interesów.