Abp Fernández ma objąć urząd prefekta DNW w połowie września, został też mianowany przez papieża kardynałem. Jednak opinie wyrażane przez niego w przeszłości budzą oburzenie katolickich komentatorów. W kwietniu 2006 r. w hiszpańskojęzycznym czasopiśmie teologicznym „Revista Teología” opublikował on artykuł La dimensión trinitaria de la moral (Trynitarny wymiar moralności), w którym według krytyków można znaleźć poglądy sprzeczne z nauką Kościoła katolickiego.

Jak stwierdza Michael Haynes z „Life Site News”, artykuł nowego prefekta jest „długi, rozwlekły i zagmatwany, gdy argumentuje, że sytuacje duszpasterskie mogą od czasu do czasu usprawiedliwiać niemoralne działania”. Pisze w nim m.in., że „W przypadku pewnych zagadnień dotyczących moralności seksualnej pilne jest także dokonanie rozróżnienia w bezpośrednim świetle centralnego kryterium hermeneutycznego, aby dostrzec, w jaki sposób niezdolność do wstrzemięźliwości seksualnej zazwyczaj oznacza podporządkowanie wolności małżonka, dając pierwszeństwo własnej przyjemności nad szczęście drugiego”.

I kontynuuje: „Ale także zdarza się, że wstrzemięźliwość seksualna przeczy chrześcijańskiej hierarchii wartości, której ukoronowaniem jest miłość. Nie możemy zamykać oczu na przykład na trudność, która pojawia się u kobiety, gdy dostrzega, że stabilność rodziny zostaje zagrożona z powodu poddawania małżonka, który tego nie praktykuje, okresom wstrzemięźliwości. W tym przypadku nieelastyczne odrzucenie wszelkiego stosowania prezerwatyw dawałoby priorytet przestrzeganiu jakiejś normy zewnętrznej ponad poważny obowiązek troski o wspólnotę miłosną i stabilność małżeńską, której wymaga bardziej bezpośrednio miłość. W takich sytuacjach zastosowanie hermeneutycznego kryterium fundamentalnego jest nieodzowne, aby określić adekwatnie chrześcijańską racjonalność danego wyboru, ponieważ daje to lepszą gwarancję, że pragnienie nie odwróci się przeciwko sobie, i umożliwia realizację wymiaru trynitarnego aktu”.

Zwolennicy nowego prefekta bronią go, powołując się na Vademecum dla spowiedników Papieskiej Rady ds. Rodziny z 1997 r., w którym można przeczytać m.in.: „Szczególną trudność przedstawiają przypadki współdziałania w grzechu współmałżonka, który dobrowolnie i z rozmysłem powoduje ubezpłodnienie jednoczącego aktu (małżeńskiego)”. Rada w swoim dokumencie stwierdza, że „takie współdziałanie może być godziwe”, ale podaje „równocześnie trzy warunki”. Jednym z tych warunków jest to, by „działanie małżonka współdziałającego” nie było „już samo w sobie niegodziwe”.

Jak zauważa Haynes, „zastosowanie prezerwatywy nie spełnia tego wymogu”. Publicysta przytacza tutaj stosowne fragmenty z encykliki Casti connubi Piusa XI, które mówią o tym, że celem aktu małżeńskiego jest prokreacja i godziwy jest taki akt, który tę wewnętrzną jego naturę zachowuje. „Nie ma bowiem takich trudności, który by mogły znieść prawomocność przykazań Bożych zabraniających czynów złych ze swej istoty. W jakichkolwiek okolicznościach małżonkowie mogą zawsze za łaską Bożą w stanie swoim żyć uczciwie i czystość małżeńską zachować bez owych niecnych występków” (Casti connubi).

Stosowne fragmenty podważające argumentację broniących abp. Fernándeza można znaleźć w samym Vademecum dla spowiedników, a także m.in. w encyklice Humanae vitae Pawła VI.