Jak można się dowiedzieć między innymi z książki „Mroczny PRL: Niewyjaśnione zabójstwa" autorstwa Przemysława Słowińskiego, na Pyjasa donosił jego ''przyjaciel'' Lesław Maleszka (tajny współpracownik Służby Bezpieczeństwa o pseudonimach ''Ketman'' i ''Return'') infiltrujący i dezintegrujący środowiska opozycji – po latach jeden z najważniejszych publicystów ''Gazety Wyborczej'' walczący między innymi z dekomunizacją i lustracją (po tym, jak został zdekonspirowany w 2001, dalej pisywał w ''Gazecie Wyborczej'' pod pseudonimem ''Elem''). Prawdopodobnym motywem zamordowania Pyjasa przez SB było to, by ten nie ujawnił, że konfidentem bezpieki jest Maleszka.

Według Przemysława Słowińskiego komuniści nie dosyć, że zamordowali Pyjasa, to jeszcze po śmierci go szkalowali, kłamiąc w mediach, że Pyjas nie został zabity, tylko po pijaku spadł ze schodów i sam spowodował swój zgon. Zapewne z zamordowaniem Pyjasa związane jest zamordowanie jego kolegi, studenta fizyki Uniwersytetu Jagiellońskiego, Stanisława Pietraszki.

W stanie upojenia alkoholowego, do zamordowania Pyjasa na zlecenie SB za 100 dolarów przyznał się Marian Węclewicz (były bokser "Wisły", kryminalista współpracujący z MO i SB, który miał zostać wynajęty do pobicia Pyjasa za 100 dolarów). Węclewicza po zamordowaniu Pyjasa SB zlikwidowała w ramach zacierania śladów. Możliwe, że w zamordowaniu Pyjasa brali też sami funkcjonariusze SB – Pyjas został pobity w piwnicy, ale po pobiciu został zrzucony ze schodów, by go dobić lub upozorować wypadek.

Kilka godzin po znalezieniu zwłok Pyjasa jego kolega Bronisław Wildstein przekupił strażnika w kostnicy i dzięki temu mógł zobaczyć zmasakrowane zwłoki Pyjasa świadczące o tym, że Pyjas, został zmasakrowany i zamordowany.

O tym, że śmierć Pyjasa była zabójstwem dokonanym przez SB, świadczy to, że akta śledztwa w sprawie Pyjasa przeprowadzonego w PRL niezwykle dokładnie zniszczono.

Uroczystości pogrzebowe Pyjasa stały się wielotysięczną demonstracją antykomunistyczną. W czasie uroczystości ogłoszono powstanie niezależnej od władz organizacji studenckiej Studenckiego Komitetu Solidarności. Zdaniem studentów, którzy powołali do życia SKS, komunistyczny Socjalistyczny Związek Studentów Polskich, za to, że wraz z SB prześladował studentów, stracił mandat do reprezentowania młodzieży akademickiej. SKS do życia powołali: Andrzej Balcerek, Joanna Barczyk, Liliana Batko, Wiesław Bek, Małgorzata Gątkiewicz, Elżbieta Majewska, Lesław Maleszka (który jak się okazało po latach, był tajnym współpracownikiem SB o pseudonimie „Ketman"), Józef Ruszar, Bogusław Sonik i Bronisław Wildstein. Z SKS zaczęli też współpracować studenci z Warszawy, Wrocławia, Gdańska i Poznania. Studenci związani z SKS zaczęli wydawać takie nielegalne czasopisma jak „Indeks", „Sygnał" i „Bratniak".