Zmiany te budzą duże kontrowersje, zwłaszcza wśród środowiska Kościoła katolickiego. Dyrektorzy Wydziałów Katechetycznych diecezji w Polsce opublikowali nawet oświadczenie, w którym określili je jako "jawną dyskryminację dzieci i młodzieży uczestniczących w szkolnych lekcjach religii, ich rodziców oraz nauczycieli religii".

Większość skarg dotyczy obaw rodziców o warunki nauki religii w przypadku łączenia klas, a także zagrożenia dla obecności tego przedmiotu w szkołach z uwago na umieszczanie ich bardzo wcześnie rano lub jako ostatniej lekcji. Nauczyciele z kolei wyrażają obawy o swoje warunki pracy i ewentualną redukcję etatów.

Resort edukacji – czytamy - uznaje, że część uwag zawartych w skargach może zostać uwzględniona. Czytamy także o zapewnieniach, że warunki nauczania religii nie będą odbiegać od warunków nauczania innych przedmiotów, a decyzje o łączeniu grup mają być podejmowane przez dyrektorów szkół.

Pomimo tych zapewnień, plany MEN – podobnie jak inne „zapewnienia” rządu koalicji 13 grudnia - wywołują silne emocje i obawy wśród rodziców oraz nauczycieli religii. Tym bardziej, że dotyczą one fundamentalnego dla wielu Polaków przedmiotu, jakim jest religia w szkole.