Sprawa sięga 2009 r., kiedy Franciszek, wówczas jeszcze jako kardynał Jorge Bergoglio z Buenes Aires, powołał ks. Fernándeza na rektora Papieskiego Uniwersytetu Katolickiego Argentyny. Kard. Müller wyjaśnił, że teczka została przygotowana przez abp. Jean-Louisa Bruguès’a, sekretarza Kongregacji ds. Edukacji Katolickiej. Takie materiały były potrzebne Kongregacji Nauki Wiary po to, by wydać nihil obstat, czyli że nie ma przeszkód co do nominacji. KNW zawsze w takiej procedurze uczestniczy. Jest to wymóg w przypadku jakiegokolwiek rektora uniwersytetu katolickiego.

„Kongregacja ds. Edukacji Katolickiej musi zatem prosić KNW o nihil obstat w celu wydania oficjalnej zgody po to, aby Kościół był całkowicie pewny, że nie ma nic problematycznego w takiej nominacji” – powiedział kard. Müller. Okazało się, że w przypadku ks. Fernándeza cała procedura potrwała około dwa i pół roku, aż do 2011 r., nim mógł on złożyć ślubowanie przy objęciu nowej funkcji. KNW, której prefektem był wówczas kard. William Levada, musiała opóźnić wydanie nihil obstat do chwili rozwiania wszelkich wątpliwości.

Według kard. Müllera prawdopodobnie ks. Fernández musiał „wysłać do KNW list zobowiązując się, że postara się bardziej”. Sam abp Fernández powiedział „National Catholic Register”, że doszło do wymiany takich listów i że wyjaśnienie sprawy „potrwało ponad rok”. Wątpliwości dotyczyły np. artykułu o niemożliwości błogosławienia przez Kościół par homoseksualnych, który opublikował w „małej gazecie” w Argentynie. Jak wyjaśnia: „Moi oskarżyciele powiedzieli, że nie wyjaśniłem w sposób wystarczający kościelnego rozumienia małżeństwa”. W wywiadzie dla argentyńskiego radia Perfil z kolei abp Fernández poskarżył się, że cała procedura „była naprawdę bardzo denerwująca” i że „poświęcił miesiące na ten nonsens”.

Nominacja abp. Fernándeza na nowego prefekta Dykasterii Nauki Wiary (jak obecnie nazywa się Kongregacja) wywołała kontrowersje w związku z wątpliwościami co do ortodoksyjności jego opinii. Portal „Fronda” informował o zastrzeżeniach kard. Müllera, który w przeszłości wręcz mówił o „herezji” w poglądach abp. Fernándeza. Zastrzeżenia podnoszone przez krytyków dotyczą m.in. stanowiska nowego prefekta co do udzielania Komunii św. rozwiedzionym żyjącym w nowych związkach, bagatelizowania sprzeciwu wobec tzw. „małżeństw tej samej płci” czy grzeszności pozamałżeńskich aktów seksualnych.

Pentin przytoczył opinię abp. Fernándeza o błogosławieniu par homoseksualnych, którą wygłosił 5 lipca dla hiszpańskiego portalu „Infovaticana”. Wprawdzie nowy prefekt podkreślił, że nic nie może się równać z „małżeństwem w ścisłym rozumieniu”, ale także dodał: „Jeśli błogosławienie jest udzielane w taki sposób, by nie wywoływało zamieszania, to musi być poddane analizie i weryfikacji. (...) Jest punkt, w którym porzucamy czysto teologiczną dyskusję i przechodzimy do kwestii, która jest bardziej roztropna i dyscyplinarna”. Stwierdził też, że choć nie można zmienić doktryny, to jednak „nasze rozumienie doktryny może się zmienić i że w rzeczywistości zmieniło się i będzie wciąż się zmieniać”.