Jezuici bardzo dużą wagę przykładali do wykształcenia i szybko stali się intelektualną elitą Europy, zyskując sobie wielki autorytet. Zakładali seminaria duchowne i kolegia dla młodzieży szlacheckiej, w których mogli kształcić się także innowiercy - wielu z nich przechodziło później na katolicyzm. Szkoły te uznawane były za najlepsze w ówczesnej Europie. Miały one bardzo wysoki poziom nauczania i nowoczesne programy. Wielu władców europejskich zaprosiło jezuitów na swoich spowiedników, lub powierzali im rolę nadwornych kaznodziejów (np. ks. Piotr Skarga). Znacznie przyczynili się do rozwoju religijnego i kulturalnego - ich kościół w Rzymie dał początek nowemy stylowi architektkonicznemu - barokowi. Z czasem zakon zaczął prowadzić działalność wydawniczą. Jezuici, górujący wykształceniem nad resztą duchowieństwa, znaleźli duży posłuch w czasie obrad Soboru Trydenckiego. Do Polski zostali sprowadzeni przez abpa. Stanisława Hozjusza w 1564 r.

Zakon podjął się także działalności misyjnej w Japonii, Indiach, Chinach (ceniono ich tu jako astronomów), czy Ameryce Południowej, gdzie na terenie Paragwaju stworzyli państwo podlegające królowi Hiszpanii. 

W okresie oświecenia zakon był bardzo krytykowany w Europie, zwłaszcza przez protestantów. Do krytyków jezuitów należeli m.in. Pascal, Michelet. 

W 1773 r. papież Klemens XIV, pod naciskiem oświeceniowych filozofów i monarchów (nienawidzących jezuitów za ich duży wpływ na społeczeństw i bogactwa), ogłosił kasatę zakonu, a ich dobra przejęły poszczególne państwa, w których pracowali. 

W 1814 r. papież Pius VII reaktywował zakon jezuitów, który działa do dziś i nadal zajmuje się głównie edukacją, oraz działalnością wydawniczą.